Il se passionne très jeune pour la création fantastique et surréaliste et entame des études d'architecture et de dessin industriel à Zurich. Après un emploi de décorateur d'intérieur, il devient artiste à temps plein et se lance dans le cinéma en réalisant divers courts métrages documentaires. Il continue parallèlement de dessiner ses étranges visions fantasmagoriques et cauchemardesques mêlant l'organique et la mécanique et signe des œuvres mutantes à la frontière des deux mondes. Cette nouvelle forme d'art sera nommée par lui-même la biomécanique.

Giger était un ami personnel de Timothy Leary.

Il existe un musée H.R. Giger dans le bourg médiéval de Gruyères en Suisse en face duquel un café est entièrement décoré de sculptures biomécaniques (sièges, bar, voûte).

Giger a participé également à la création de jeux vidéo avec Darkseed 1 et 2.